Fille d'un prêtre shintoïste, Naoko Matsubara est diplômée du département de design de l'Université des arts appliqués de Kyoto (Kyoto Geijutsu Daigaku) en 1960. Après ses études, elle rencontre Munakata Shikō, devient membre du Bangain, groupe qu'il a fondé, et fait la connaissance de plusieurs de ses élèves et collaborateurs. Elle est profondément marquée par lui, et il loue son travail pour son intensité et son expressivité.
Depuis 1961, elle vit principalement hors du Japon, où elle a étudié et enseigné (notamment au Pratt Graphic Art Center de New York en 1965-1966). Son importance dans l'histoire de l'estampe japonaise a été reconnue lors de l'exposition « Mokuhan : gravures sur bois de Munakata et Matsubara » à la Galerie d'art de Victoria en 1976. Elle vit actuellement en Ontario, au Canada.
