Beisen Kubota est principalement connu comme peintre, élève de Suzuki Hyakunen. Avec Kôno Bairei, il fonde l'École préfectorale de peinture de Kyoto en 1880 (où il enseigne également), et, toujours avec Bairei, la Kyoto Bijutsu Kyôkai en 1890. En 1894, il devient illustrateur pour l'armée et accompagne les troupes durant la guerre contre la Chine en 1894-1895.
En 1911, Henry P. Bowie lui dédia son ouvrage « Sur les lois de la peinture japonaise ». Vers la fin de sa vie, Beisen devint aveugle et mourut relativement jeune.
